Laboratorium Mikrobiologi merupakan laboratorium yang mempelajari, menyimpan dandan melakukan pelayanan dalam bidang mikrobiologi yang meliputi bakteri, virus dan jamur. Fungsi utama laboratorium mikrobiologi, membantu menegakkan diagnosis penyakit infeksi yang disebabkan oleh mikroba, melakukan uji kepekaan serta penelitian-penelitian yang berkaitan dengan mikroba. Mikroba yang diteliti sekalipun sterilitas merupakan hal yang mutlak pada pemeriksaan mikrobiologi.